《我要为达尔文辩护》（刊载于《中华读书报》1999年12月29日第15版）一文的作者方舟子先生对于生物学的熟知以及对自己“信仰”（显然，方先生不太喜欢这个词）的忠诚，都是令人钦佩的。虽然对于进化论我是外行，班门弄斧难免会贻笑大方，但是坦率地说，方先生的语气和某些论点我却不能苟同。《我》一文总的来说像是一篇战斗檄文，全文的语气已经能够让人产生某种不太愉快的联想。
毋庸置疑的是，在历史上，科学与宗教之间有过尖锐的对立和激烈的冲突，宗教一度在科学的发展历程中扮演过极不光彩的角色。但值得注意的是，这并不是科学与宗教的关系的全部。正如许多科学史学家指出的那样，中世纪的神学思想应该被认为是近代科学的源头之一。当修道院中的修道士们孜孜不倦地用各种理性的方式去求得上帝存在的明证时，他们也许丝毫没有意识到他们的工作事实上正动摇着他们信仰的基础。
科学与宗教之间冲突最为白热化、最敏感，同时也是最引人注目的地方是双方在进化论上的交锋。作为一个无神论者，我确信，整个宇宙的正常运转并不需要一个超凡脱俗的万能的上帝来安排。我认为进化论是迄今为止在解释生命的发展和演化方面最为成功的理论。但是，不能不承认的是，即使又经过了100多年，现有的进化论仍然是无法令人满意的，甚至对某些问题的解释也是牵强的。譬如，在生命起源的问题上。也许，很大程度上，这不得不归因于我们事实上不可能通过实验来重演生命的历程。
不过，即使我们找到无数的证据来支持进化论，也不能成为令所有的人都接受生命是通过进化这种方式而来的这一观点的理由。绝对的相对主义是令人难以接受的，但是同样的事实或是论据我们完全可以用来支持不同甚至是对立的理论体系，这一点却是能够在科学发展的历程中看得清清楚楚的。这说明了观念巨大的左右着人们的认识和看待事物的方式。因此，在我们看来，科学事实具有更强的说服力，因而期望更多的人明白和理解这样的事实；但是，在神学家看来，就未必如此了。虽然我坚决反对宗教以任何名义对科学的发展指手画脚，但是我认为神学家同样有权利表达他们自认的真理。只要不是蓄意的欺骗，就不存在谁“丧心病狂地”反对谁的问题。涉足一个不是内行的领域，“无知”也许不可避免，“谎言”恐怕就言重了些。
与方先生一样，我认为把《审判达尔文》、《达尔文的黑匣子》当作科普著作显然是“挂起羊头卖狗肉”，指望从这类书里学习生物学知识只会误入歧途；但是对一个熟知进化论而且对进化论如何深刻的影响了人类社会感兴趣的人或是一个研究进化论的专家来说，看一看这类书还是很有必要的。当然，不仅仅是作为“反面教材”能使人“了解一下神创论者为了坚持其愚昧的信仰，是如何歪曲、攻击科学事实和科学理论的”；更为重要的是，换一种立场和角度来看待我们认定为确定无疑的事实，既能帮助我们看清自己的不足，也可以使我们弄明白对手的思路和想法，从而在辩论时采取一种更为宽容的态度。
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